Andrej Babiš čelí obvinění ze střetu zájmů, se kterým se Piráti zabývají již od roku 2017. Pod vedením Ivana Bartoše, předsedy strany Piráti, bylo toto téma důkladně prozkoumáno a zaslány byly podklady Evropské komisi spolu s trestním oznámením. Podle Pirátských analytiků měl Agrofert nedovoleně získat dotace a zakázky v hodnotě přes 20 miliard korun, což nalézá své potvrzení i v závěrech policie, Evropského žalobce a dalších autorit.
Na základě těchto skutečností by měly být neoprávněné prostředky vráceny. Nicméně Bartoš vyjádřil obavy z možné tiché dohody mezi Babišem a dalšími zainteresovanými stranami, která by mohla znamenat rozpuštění odpovědnosti za tyto finanční problémy.
Ivan Bartoš uvedl, že jediné Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR), které vedl, úspěšně uzavřelo vyšetřování těchto kauz a soud potvrdil Andreje Babiše jako osobu ve střetu zájmů. Naopak Ministerstvo zemědělství se nyní potýká s vážnými komplikacemi při řešení svých problémů. Právě z tohoto důvodu zesílili Piráti svůj analytický tým a nabídli Ministerstvu zemědělství pomocnou ruku s cílem alespoň částečně zachránit dotace.
Bartoš dále poukázal na to, že jejich práce přispěla k odhalení nelegálního jednání spojeného s Agrofertem a tím uložila tlak na politické představitele ke změnám v legislativních procesech týkajících se financování projektů souvisejících s mylným výkladem zákonů o veřejných zakázkách.
Představitelé Pirátů rovněž nadále volají po transparentnosti státních financí a nutnosti reformy systému veřejných zakázek takovým způsobem, aby bylo možné zabránit opakování podobných skandálů do budoucna. V rámci této iniciativy už začali vyvíjet konkrétní návrhy na legislativní změny vhodné pro oslabení vlivu jednotlivců v podobném postavení jako Andrej Babiš.
Pod vedením Ivana Bartoše tak mohou Piráti mít zásadní dopad nejen na současnou situaci kolem Agrofertu ale i na celkovou kulturu vládnutí v České republice směrem k větší odpovědnosti politiků vůči veřejným financím.