Ministerstvo zahraničních věcí, během vedení Jana Lipavského, mělo tendenci omezovat účast novinářů a médií na svých veřejných akcích a také jejich přístup do Černínského paláce. Současný ministr diplomacie Petr Macinka uvedl, že to bylo součástí dlouhodobé praxe. Podle informací serveru ParlamentníListy.cz byl Lipavský navíc v kontaktu s diplomaty a radil jim, jaká média priorizovat v komunikaci.
Macinka se nechal slyšet poté, co byla jeho ministerská činnost kritizována ze strany opozičních novinářů. Ti upozornili na situaci, kdy na tiskové konferenci k Českým centrům nebyla umožněna účast Zdislavě Pokorné z Deníku N. Vzhledem k tomu se Macinka obdržel množství stížností ohledně přístupu některých novinářů ke konferencím organizovaným ministerstvem.
Podle Macinkových slov měl Jan Lipavský ve zvyku implementovat pravidla pro omezený vstup médií, což vyvolalo otázky spojené s transparentností a otevřeností úřadu. Dále zdůraznil absenci reakcí Syndikátu novinářů na tyto praktiky za předchozího vedení resortu.
Bývalá novinářka Iveta Křížová byla zmíněna jako aktuální ředitelka odboru komunikace ministerstva. Zdá se tedy paradoxní, že právě ona mohla být během období ministra Lipavského omezená ve své práci jako mediální odbornice.
Macinka dokonce oznámil plány na uspořádání zvláštních tiskových konferencí pro média podobná Deníku N v budoucnosti – tento krok má údajně změnit dosavadní přístup MZV k mediálním otázkám a posunout jej směrem k větší otevřenosti.
Kritika směřující vůči minulému vedení poukazuje nejen na konkrétní incidenty omezující přístup novinářů ke světu politiky ale i širší implikace těchto praktik pro fungování demokracie v České republice. V podmínkách demokratického prostředí by měla být úloha médií prioritou při poskytování informací veřejnosti a sledování aktivit vlády.V době působení Jana Lipavského na Ministerstvu zahraničních věcí se objevily závažné zprávy o tom, jakým způsobem bylo zacházeno s některými médii. Podle informací, které získal server ParlamentníListy.cz, byli zaměstnanci ministerstva instruováni tak, aby preferovali komunikaci zejména s Deníkem N a vyhýbali se aktivitám ParlamentníchListů.cz. Toto jednání ukazuje na snahu o určitou kontrolu nad tím, kdo může informovat veřejnost o činnosti ministerstva.
Někteří bývalí zaměstnanci resortu uvedli, že neexistoval žádný písemný pokyn zakazující spolupráci s konkrétními médii. Místo toho byly poskytovány ústní instrukce k tomu, aby byla zajištěna účast novinářů preferovaných médií na akcích a tiskových konferencích. Pracovníci zmínili situace, kdy redakcím vyloučeným z pozvánek nebylo sděleno konání konkrétních událostí pro média.
Omezení nebyla pouze formální; vysokým diplomatům bylo doporučeno veřejně ignorovat tyto vyloučené redakce během své konverzace s médii. V případě ParlamentníchListů.cz to vedlo k situacím, kdy novináři neměli šanci přihlásit se k účasti a nemohli být tedy formálně odmítnuti z důvodu kapacity akce.
Další svědectví ukázala i to, že udržování vztahů s vybranými médii mělo dalekosáhlé důsledky pro diplomatické představitele. Zaznívala doporučení od vedení ministerstva ohledně toho, jaká média by měli velvyslanci upřednostňovat v rámci svých kontaktech na zahraničních postech.
Situace dále eskalovala do míry sledování či monitoringu názorů diplomatických pracovníků na tehdejší vedení ministerstva. Zaměstnancům bylo naznačeno dbát velké opatrnosti při četbě některých publikací a interní hlášení měla zaznamenat veškerou „nevhodnou“ aktivitu nebo názory podřízených дипломатických pracovníků.
Tato skutečnost přivedla mnohé diplomaty do nepříjemné pozice; byli odrazováni od otevřeného vyjadřování názorů za cenu potrestání ze strany výše postavených kolegů nebo dokonce vedení úřadu. Takové chování podle svědectví podtrhuje atmosféru nedostatečné transparentnosti ve fungování Ministerstva zahraničních věcí po dobu Lipavského mandátu.
Dopady těchto praktik mohly ovlivnit nejen každodenní pracovní vztahy uvnitř ministerstva samotného ale také širokou diskusi o svobodě tisku a pluralitě médií v České republice jako celku dle výkladu užších i širších politických súvislostech daného období vlády Jana Lipavského (ParlamentníListy.cz).Za působení bývalého ministra zahraničí Jana Lipavského (Piráti) byla situace ohledně komunikace s médii značně problematická. Lipavský prý doporučoval, aby se novináři v kontaktu s jeho ministerstvem zaměřili především na Deník N a vyhýbali se jiným platformám jako Parlamentní listy. Tento přístup se setkal s kritikou jak mezi kolegy v politice, tak i mezi pracovníky médií.
I přes tento pokus o kontrolu informací nebylo možné zcela potlačit stávající nedorozumění. Ministerstvo zahraničí za Lipavského reagovalo na dotazy redaktorů velmi neochotně a většinou až na samém konci mandátu. To, že množství dotazů zůstávalo bez odpovědi, vytvářelo dojem uzavřenosti a netransparentnosti.
Lipavský však popíral obvinění ze zaujatého jednání vůči některým médiím. Na otázku o tom, zda inicioval takový postup vůči vybraným novinářům, rázně reagoval slovy: „To je absolutní lež.” Tento tvrzení vyvolalo další debaty o jeho stylu vedení a otevřenosti k žurnalistům.
Jako příklad úzké spolupráce uváděli někteří členové diplomacie podmínky práce pod Lipavským jako neúprosné při určování toho, které zdroje by měly mít možnost klást otázky ministerstvu nebo mít přístup k informacím. Řada diplomatů toto považovala za nevhodné ovlivňování nezávislosti médií.
Po odchodu Lipavského z funkce se ale situace zdá mírně měnit; členové ministerstva začali být vstřícnější k novinářům napříč různými platformami a informace začaly cirkulovat rychleji než dříve. Lipský byl kritizován i za způsob rozdělení důležitých funkcí ve svém týmu – manažerské rozhodnutí mnohdy budila dojem netransparentnosti a posilovalo jen loajalitu nátlaku skrze exkluzivitu spolupráce pouze s několika málo médii.
V současnosti je evidentní snaha obnovit veřejnou důvěru ve vedení MZV i ochotu angažovat se aktivně v dialogu nejenom mezinárodním, ale také lokálním ozvučením odlišných názorů v rámci mediálního prostoru České republiky.