Jakub Michálek z pirátské strany upozorňuje na aktuální situaci, kdy církve už nyní odmítají poskytovat policii informace ze svých interních vyšetřování. Církev se často odvolává na zpovědní tajemství, což komplikuje možnost obětí hledat spravedlnost a chrání viníky. Michálek zdůrazňuje, že pokud dojde k rozšíření zpovědního tajemství o další osoby v církevních strukturách, riskuje se prohloubení těchto problémů.
Odpověď ministra spravedlnosti Pavla Blažka na interpelaci Pirátské strany uvádí, že Vatikán učinil zahrnutí zpovědního tajemství podmínkou smlouvy. Podle Blažka by samo o sobě nemělo rozšířit tuto instituci nad rámec českého práva. Přestože ministerstvo tvrdilo, že vše bude v souladu s platnými předpisy, text smlouvy naznačuje možnost mlčenlivosti i pro osoby mimo duchovenstvo.
Piráti se obávají negativního dopadu směrem k vyšetřování závažných trestných činů jako je sexuální zneužívání. Na úterním jednání ústavněprávního výboru chtějí navrhnout posouzení dopadů této smlouvy nezávislými odborníky v oblasti ústavního a mezinárodního práva. Michálek varuje před situací, kdy by kvůli prakticky neproniknutelnému zpovědnímu tajemství mohli pachatelé unikat trestnímu stíhání.
Kromě otázky katolické církve je zde také problém se vztahem ke dalším náboženským organizacím. Mezi nimi mohou být například Svědkové Jehovovi nebo jiné skupiny žijící v rámci české společnosti. Olga Richterová dodává obavy o to, jak by takové rozšíření mohlo přispět k zakrývání trestné činnosti i u těchto alternativních církvích.
Mnozí tvrdí, že Česká republika není jedinou zemí bez podobné dohody s Vatikánem – podle údajů dostupných na webu papežské univerzity mají takovou dohodu pouze 15 evropských zemích. Piráti proto rovněž volají po podrobnější analýze možného účelu této smlouvy a jejího vlivu pro spolupráci s orgány činnými v trestním řízení.
Jednou z iniciativ Pirátů je i podpora senátorům Václava Lásky a Adély Šípové při návrhu na přezkum této smlouvy Ústavním soudem. Obavy Pirátů směřují zejména směrem k obraně práv obětí namísto zaměřování pozornosti na ochranu potenciálních pachatelů činícího sexuální násilí či dalších trestných činů ve sféře náboženství.