Ministr Bek přistoupil k zásadnímu obratu ohledně financování nepedagogických pracovníků, čímž vyvolal kritiku ze strany Pirátské strany. S ohledem na připravené změny se mělo přerozdělení odpovědnosti za financování těchto pracovníků přesunout na samosprávy, což Piráti označili za nezodpovědnou strategii. Podle místopředsedkyně Poslanecké sněmovny Olgy Richterové absence jasného plánu a přípravy v návrhu hrozí komplikacemi.
Tímto tlakem ze strany Pirátů a samospráv byl ministr donucen odložit termín změny financování na leden 2026. Náměstkyně primátora Ostravy pro oblast vzdělávání Andrea Hoffmannová vyjádřila obavy z nedostatečné úpravy novely. Upozornila, že převod nepedagogických pracovníků je nastaven nevhodně — zřizovatelé sice dostanou víc prostředků na platy, ale dojde ke snížení investic do dalšího rozvoje škol.
Kritici taktéž poukazují na to, že nedostatečná podpora školních psychologů zaměřená na reálné potřeby školstva neumožňuje efektivní řešení problematiky duševního zdraví žáků. Tato situace postaví ředitelé před volbu mezi různými odbornými pozicemi bez garance adaptačního rozpočtu pro všechny potřebné služby.
Pirátům se rovněž nelíbí absence jasných informací o celkové výši dotací pro školy v následujícím roce. Olga Richterová zdůraznila důležitost transparentního plánování finančních prostředků školství, vzhledem k tomu, že ministr financí Stanjura nevykazuje aktivitu v této oblasti kvůli svému zapojení v bitcoinových transakcích.
Dalšími slabinami návrhu podle Pirátů jsou takzvané ostatní neinvestiční výdaje zahrnující učební pomůcky nebo profesní vzdělávání učitelů. To by mohlo vést k nerovnostem ve kvalitě vzdělání mezi školami v majetnějších oblastech a těmi ve věřitelských regionech.
Barbora Pipášová jako odbornice Pirátů na vzdělávání varovala před situací, kdy kvalita vyučovacího procesu bude závislá pouze na kapacitách obcí a jejich ekonomickém zázemí. Podle ní si všechny děti zaslouží spravedlivou příležitost k úspěchu ve škole, což podtrhuje důležitost rovnocenného přístupu ke vzdělání bez ohledu na lokalitu či rozpočet.